If your code scanning results are different than you expected, you may have both default and advanced setup configured for your repository. When you enable default setup, this disables the existing CodeQL workflow file and blocks any CodeQL API analysis from uploading results.
To check if default setup is enabled, navigate to the main page of the repository, then click Settings. In the "Security" section of the sidebar, click Advanced Security. In the "Code scanning" section of the page, next to "CodeQL analysis", click . If there is a Switch to advanced option, you are currently using default setup.
If you want to return to using advanced setup and get code scanning results from your custom workflow file, click Disable CodeQL to disable default setup. Then you should re-enable your pre-existing workflows to start triggering and uploading results from advanced setup. For more information, see Desabilitar e habilitar um fluxo de trabalho and Configuring advanced setup for code scanning.
Em alguns casos, seu repositório pode usar várias configurações do code scanning. Essas configurações podem gerar alertas duplicados. Além disso, as configurações obsoletas que não forem mais executadas exibirão status de alerta desatualizado e os alertas obsoletos permanecerão abertos indefinidamente. Para evitar alertas desatualizados, você deverá remover configurações obsoletas do code scanning de um branch. Para obter mais informações sobre várias configurações e excluir configurações obsoletas, confira Sobre alertas de digitalização de códigos e Resolvendo alertas de varredura de código.